Die Bäche und kleinen Flüsse des Spessarts stellen mit Ihren Auen bedeutende Lebensräume und Wanderkorriore für zahlreiche Arten wie z.B. den Biber oder die Flussperlmuschel dar. Viele der Gewässer sind jedoch durch den Menschen stark verändert worden. So behindern Querbauwerke und Wasserkraftanlagen die ökologische Längsdurchgängigkeit für wandernde Fische und Kleintiere. Kläranlagen, Mischwassereinleitungen und Fischteiche beeinflussen die Wasserqualität. Und Begradigungen und Uferverbauungen mindern die Lebensraumqualität zahlreicher Gewässerabschnitte. Hinzu kommen oft gravierende Veränderungen in der Aue. So wurden vor allem nach dem 2. Weltkrieg viele Weisen und Weiden in der Aue mit standortfremden Gehölzen wie z.B. Fichten aufgeforstet.

Um derartige Defizite an Gewässer und in Gewässerauen abzubauen und um neue Lebensräume zu schaffen, werden vom Biotopverbundprojekt verschiedene Maßnahmen angestoßen bzw. umgesetzt:

Gewässer- und Auenrenaturierung Hafenlohrtal
Auenrenaturierung Untere Lohr
ökologische und gestalterische Aufwertung der Auramündung