Das Naturparkgebiet wird durch den Main entwässert. Dieser ist der Herkunft seiner Quell- und Zuflüsse entsprechend, ein Fluß mit Mittelgebirgscharakter. Die Abflüsse im Winterhalbjahr überwiegen; Hochwässer treten im Winter und Frühjahr bei Schneeschmelze und Starkniederschlägen auf, Trockenperioden mit anhaltendem Niedrigabfluss im Sommer und Herbst.

 

Für den Hochspessart ist ein weitmaschiges Netz tief eingeschnittener Täler, mit meist nur kleinen Bächen, charakteristisch. Bedeutende Gewässer sind insbesondere die Elsava, die Hafenlohr, die Lohr sowie die Sinn. Der größte Teil des Vorspessarts wird über die Flusssysteme der Kahl und der Aschaff entwässert. Im Vorspessart ist der geringen Durchlässigkeit der kristallinen Gesteine entsprechend die Taldichte recht hoch.

Der Spessart ist arm an stehenden Gewässern. Ganz vereinzelt finden sich in Tälern kleine Aufstauungen. Im Maintal entstanden Wasserflächen vielfach durch Kies- und Sandabbau. Insbesondere um Kahl am Main sind Baggerseen zahlreich.

Die wesentlichen Grundwasservorkommen befinden sich am Rande des Spessartgebietes im Maintal. Im Vorspessart lassen die dichten Gesteine, von wenigen Klüften abgesehen, kaum eine Grundwasseransammlung entstehen. Auch im Hochspessart treten kaum Quellen auf, da der Buntsandstein stark wasserdurchlässig ist. Quellen befinden sich erst wieder in den mittleren und unteren Teilen der Täler.